Le conseil scientifique élit en son sein son président, sur proposition du président de l'institut, à la majorité absolue au premier tour et, si nécessaire, à la majorité relative au deuxième tour. Le vote se fait au scrutin secret. En cas d'absence temporaire, la présidence du conseil scientifique est assurée par le plus âgé des membres nommés du conseil scientifique.
Le secrétariat du conseil est assuré par l'administration de l'institut.
Toute séance donne lieu à l'établissement d'un compte rendu.
Le conseil scientifique ne peut délibérer valablement que si la majorité de ses membres sont présents ou représentés. Un membre peut se faire représenter par un autre membre du conseil scientifique du même collège auquel il a donné mandat. Nul ne peut détenir plus de deux mandats.
Les membres peuvent également valablement participer à la séance par des moyens de conférence téléphonique ou audiovisuelle permettant l'identification de ces membres et leur participation effective à une délibération collégiale.
Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai maximum de vingt jours. Il délibère alors sans condition de quorum. Sous réserve des dispositions prévues à l'article 8 ci-dessus relatif aux modalités de vote au titre des mesures d'ordre individuel concernant les chercheurs, les avis du conseil scientifique sont acquis à la majorité absolue des membres présents ou représentés.
Si cela s'avère nécessaire, une délibération peut être organisée à l'initiative du président du conseil sous la forme d'échanges écrits transmis par voie électronique. La délibération est adoptée selon les principes définis par le décret n° 2014-1627 du 26 décembre 2014 susvisé.