L'ordre du jour du conseil scientifique est fixé par le président de l'institut.
Peuvent être entendues sur sa proposition, par le conseil scientifique, des personnalités qualifiées désignées par le président de l'institut en raison de leur compétence particulière sur une question de l'ordre du jour ; il peut également inviter des experts à donner leur avis écrit au conseil scientifique sur une question de l'ordre du jour.
Il est constitué une délégation permanente, pour la durée du mandat du conseil scientifique, de sept membres qui comprend, sous la présidence du président du conseil scientifique, cinq membres appartenant à chacun des collèges A1, B1, A2, B2 et C, élus par le conseil, et un membre du conseil nommé par le président de l'institut.
La délégation permanente est consultée sur la préparation des travaux du conseil scientifique et, en cas d'urgence, sur toute question autre que le recrutement, la promotion et la révocation des personnels titulaires de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale ainsi que sur la nomination et la révocation des directeurs des unités de recherche.
Le président de l'institut, les directeurs généraux délégués et les directeurs peuvent assister, avec voix consultative, aux séances du conseil et de la délégation permanente.