La formation se déroule à l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire en alternance avec des stages, notamment dans les services de l'administration pénitentiaire ou dans les juridictions de l'ordre judiciaire ou dans des administrations publiques ou associées au service public ou dans des associations concourant à la mise en œuvre des politiques publiques d'insertion sociale et professionnelle et institutions étrangères.
Durant les deux années de formation, les élèves et stagiaires conseillers pénitentiaires d'insertion et de probation sont placés sous l'autorité du directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire.
La formation vise à préparer les conseillers pénitentiaires d'insertion et de probation de l'administration pénitentiaire aux fonctions qu'ils seront appelés à exercer dans les services relevant de l'administration pénitentiaire.