Lorsque le bénéficiaire relève des formes d'installation à titre principal ou à titre secondaire, le paiement de la DJA est effectué en principe en deux versements.
Le premier, à hauteur de 80 % est effectué au moment de la constatation de l'installation comme chef d'exploitation. Le second, à hauteur de 20 % a lieu au cours de la cinquième année, après contrôle de la bonne mise en œuvre du projet.
Toutefois, en cas d'acquisition progressive de la capacité professionnelle agricole, le premier versement de la dotation est fractionné en deux parts égales. Une première partie de l'aide est versée dès la constatation de l'installation comme chef d'exploitation. La seconde partie de l'aide est versée dès l'obtention du diplôme, au plus tard trois années après l'installation comme chef d'exploitation.