Pour l'accomplissement de ses missions, le STEMO Bordeaux Gironde est composé des quatre unités éducatives suivantes :
- unité éducative de milieu ouvert de Bordeaux 1 (UEMO), sise 20, rue Thiac, 33000 Bordeaux ;
- unité éducative de milieu ouvert de Bordeaux 2 (UEMO), sise 85, rue Chevalier, 33000 Bordeaux ;
- unité éducative de milieu ouvert de Mérignac (UEMO), sise 3, avenue du Château-d'Eau, 33700 Mérignac ;
- unité éducative de milieu ouvert de Cenon, sise 17, rue Chateaubriand, 33150 Cenon Cedex.