Le président de l'Institut national de recherches archéologiques préventives est choisi après appel à candidatures, parmi les personnalités ayant une compétence dans le domaine de l'archéologie, sur la base d'un projet scientifique tenant compte, le cas échéant et pour la durée d'exécution restant à courir, des engagements pris par l'établissement dans le contrat pluriannuel conclu avec l'Etat. Il est nommé par décret sur proposition conjointe du ministre chargé de la culture et du ministre chargé de la recherche pour un mandat de trois ans renouvelable deux fois.
Dans le cas d'un renouvellement de mandat, il n'est pas procédé à un appel à candidatures.
Un arrêté conjoint du ministre chargé de la culture et du ministre chargé de la recherche précise les modalités d'organisation de l'appel à candidatures.