L'Institut national de recherches archéologiques préventives est administré par un conseil d'administration et doté d'un conseil scientifique. Il est dirigé par un président assisté d'un directeur général délégué.
Le conseil scientifique assiste le président et le conseil d'administration.
Le président préside le conseil d'administration et le conseil scientifique. Il assure la direction générale de l'établissement.