Dans chaque département, une commission présidée par le président du tribunal administratif ou le conseiller qu'il délègue établit une liste d'aptitude des commissaires enquêteurs. Cette liste est rendue publique et fait l'objet d'au moins une révision annuelle. Peut être radié de cette liste tout commissaire enquêteur ayant manqué aux obligations définies à l'article L. 123-15.
L'enquête est conduite, selon la nature et l'importance des opérations, par un commissaire enquêteur ou une commission d'enquête choisi par le président du tribunal administratif ou le conseiller délégué par lui à cette fin parmi les personnes figurant sur les listes d'aptitude. Son choix n'est pas limité aux listes des départements faisant partie du ressort du tribunal. Dans le cas où une concertation préalable s'est tenue sous l'égide d'un garant conformément aux articles L. 121-16 à L. 121-21, le président du tribunal administratif peut désigner ce garant en qualité de commissaire enquêteur si ce dernier est inscrit sur l'une des listes d'aptitude de commissaire enquêteur. En cas d'empêchement d'un commissaire enquêteur, le président du tribunal administratif ou le conseiller délégué par lui ordonne l'interruption de l'enquête, désigne un commissaire enquêteur remplaçant et fixe la date de reprise de l'enquête. Le public est informé de ces décisions.