La gestion des réserves naturelles peut être confiée par voie de convention à des établissements publics ou des groupements d'intérêt public lorsque la protection du patrimoine naturel ressort des missions confiées à ces établissements et groupements, ou à des syndicats mixtes, des associations régies par la loi du 1er juillet 1901 relative au contrat d'association ainsi que des associations d'Alsace et de Moselle régies par les articles 21 à 79-III du code civil local ou des fondations lorsque la protection du patrimoine naturel constitue l'objet statutaire principal de ces syndicats, associations et fondations.
Elle peut être également confiée aux propriétaires de terrains classés dans la réserve naturelle, à des collectivités territoriales ou à des groupements de collectivités.
Un comité national ou régional des pêches maritimes et des élevages marins créé en application de l'article L. 912-1 du code rural et de la pêche maritime ou un comité national ou régional de la conchyliculture créé en application de l'article L. 912-6 du même code peut, à sa demande, se voir confier la gestion ou être associé à la gestion d'une réserve naturelle, lorsque celle-ci comprend une partie maritime.