L'Agence de services et de paiement assure l'instruction de la demande, effectue le calcul de l'aide à partir des données transmises, notifie son montant et procède à son versement à l'entreprise.
Elle dispose d'un délai dont le terme est fixé au 30 juin de l'année de présentation de la demande pour instruire l'ensemble des dossiers reçus, évaluer le montant total demandé, puis procéder aux versements de l'aide aux entreprises.