Un comité d'orientation réunissant des représentants des différentes parties concernées par les milieux d'eau douce est placé auprès du conseil d'administration de l'agence, qui en détermine la composition et le fonctionnement. Le comité peut recevoir, par délégation du conseil d'administration, des compétences relatives aux milieux d'eau douce.
Un comité d'orientation réunissant des représentants des différentes parties concernées par la biodiversité ultramarine et de tous les départements et collectivités d'outre-mer ainsi que de l'administration des Terres australes et antarctiques françaises est placé auprès du conseil d'administration de l'agence, qui en détermine la composition et le fonctionnement. Le comité peut recevoir, par délégation du conseil d'administration, des compétences relatives à la biodiversité ultramarine.
Ces comités d'orientation doivent être composés de manière à ce que l'écart entre le nombre d'hommes, d'une part, et le nombre de femmes d'autre part, ne soit pas supérieur à un. Lorsqu'un organisme est appelé à désigner plus d'un membre d'un comité, il procède à ces désignations de telle sorte que l'écart entre le nombre des hommes désignés, d'une part, et le nombre des femmes désignées, d'autre part, ne soit pas supérieur à un.
Le conseil d'administration peut déléguer certaines de ses attributions à des comités d'orientation et aux conseils de gestion des autres espaces protégés placés sous la responsabilité de l'agence.