1° Un premier collège, représentant au moins la moitié de ses membres et constitué par des représentants de l'Etat, des représentants d'établissements publics nationaux œuvrant dans le champ des compétences de l'agence et des personnalités qualifiées ;
2° Un deuxième collège comprenant des représentants des secteurs économiques concernés, d'associations agréées de protection de l'environnement ou d'éducation à l'environnement et des gestionnaires d'espaces naturels, dont un gestionnaire d'un espace naturel situé en outre-mer ;
3° Un troisième collège comprenant des représentants des collectivités territoriales et de leurs groupements, dont un représentant des outre-mer ;
4° Un quatrième collège comprenant deux députés et deux sénateurs, dont au moins un représentant des territoires ultra-marins ;
5° Un cinquième collège composé des représentants élus du personnel de l'agence.
Le conseil d'administration est composé de manière à comprendre au moins un représentant de chacun des cinq bassins écosystémiques ultramarins.
Le conseil d'administration doit être composé de manière à ce que l'écart entre le nombre d'hommes, d'une part, et le nombre de femmes, d'autre part, ne soit pas supérieur à un. Lorsqu'un organisme est appelé à désigner plus d'un membre du conseil, il procède à ces désignations de telle sorte que l'écart entre le nombre des hommes désignés, d'une part, et le nombre des femmes désignées, d'autre part, ne soit pas supérieur à un. La même règle s'applique à la désignation des personnalités qualifiées.
Il est pourvu à la présidence du conseil d'administration par décret en conseil des ministres parmi les membres du conseil d'administration, sur proposition de celui-ci.