Il peut être consulté sur les projets de loi, d'ordonnance et de décret concernant ses domaines de compétence et les travaux scientifiques et techniques y afférents. Il peut également se saisir d'office.
Un décret en Conseil d'Etat précise les compétences, les modalités de fonctionnement et la composition du Conseil national de la protection de la nature, ainsi que les conditions dans lesquelles sa composition concourt à une représentation équilibrée des femmes et des hommes, d'une part, et à une représentation équilibrée des sciences du vivant et des sciences humaines, d'autre part. Il fixe les règles de transparence applicables aux experts du Conseil national de la protection de la nature.
La composition du Conseil national de la protection de la nature concourt à une représentation significative de spécialistes de la biodiversité ultramarine.