Le projet de contrat de plan est établi sur la base des orientations et des engagements respectifs, d'une part, de l'Etat et, d'autre part, de la région. A ce titre, les contrats de plan se fondent sur les objectifs inscrits dans le schéma régional d'aménagement, de développement durable et d'égalité des territoires ainsi que, le cas échéant, sur la base des orientations retenues par le schéma interrégional de littoral ou par le schéma interrégional de massif.
Le cadre des discussions est précisé dans un mandat de négociation adressé au préfet de région par le Premier ministre.
Le projet de contrat de plan préparé par le préfet de région est soumis à validation interministérielle selon des modalités définies par le Premier ministre.