Un délai de deux ans après l'entrée en vigueur du présent arrêté peut être accordé pour la mise en œuvre des aménagements et travaux nécessaires à la mise en place des mesures de biosécurité et/ ou au passage au fonctionnement en bande unique. Cette dérogation est soumise à l'autorisation du directeur départemental en charge de la protection des populations obtenue sur la base de l'envoi d'une déclaration d'engagement du détenteur à faire réaliser les aménagements et travaux avant la fin du délai de deux ans. Cette déclaration doit être envoyée au plus tard le 15 novembre 2016.
Pendant la durée de réalisation de ces travaux, un programme de dépistage aux frais du détenteur peut être imposé par instruction du ministre chargé de l'agriculture.