Le centre national est dirigé par un président nommé par décret du Président de la République pour une période de trois ans renouvelable deux fois dans les conditions fixées par le décret n° 2005-1311 du 21 octobre 2005 relatif aux conditions de nomination et d'avancement dans les emplois de président, de directeur général et de directeur de certains établissements publics nationaux à caractère administratif.
Le président du centre national préside le conseil d'administration. Le conseil d'administration comprend en outre :
a) En qualité de représentants de l'Etat :
1° Quatre membres titulaires et quatre suppléants désignés par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, dont le directeur chargé de l'enseignement supérieur, vice-président ;
2° Un membre titulaire et un suppléant désignés par le ministre chargé du budget ;
3° Un membre titulaire et un suppléant désignés par le ministre chargé du logement ;
4° Un membre titulaire et un suppléant désignés par le ministre chargé de la culture ;
5° Un membre titulaire et un suppléant désignés par le ministre des affaires étrangères ;
b) Huit membres titulaires et huit suppléants, élus, représentant les étudiants ;
c) Trois membres titulaires et trois suppléants représentant les personnels du centre national et des centres régionaux désignés par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, sur proposition des organisations syndicales représentatives au plan national, à raison de deux titulaires et de deux suppléants choisis parmi les personnels ouvriers, et d'un titulaire et d'un suppléant choisis parmi les personnels administratifs ;
d) Trois membres titulaires et trois suppléants désignés par le ministre chargé de l'enseignement supérieur parmi les présidents ou directeurs d'établissements d'enseignement supérieur publics ou privés ;
e) Deux personnalités désignées par le ministre chargé de l'enseignement supérieur en considération des activités qu'elles exercent dans les domaines de l'éducation et de la culture comme de l'intérêt qu'elles portent aux activités et à la vie des étudiants ;
Ces personnalités sont choisies dans les quinze jours qui suivent la proclamation des résultats des élections prévues à l'article R. 822-4 sur une liste présentée par les étudiants siégeant au conseil d'administration du centre national. Chaque représentant étudiant titulaire propose deux noms, l'un d'un homme, l'autre d'une femme. A défaut de présentation de cette liste dans le délai mentionné, le ministre peut désigner en dehors de cette liste des personnalités de son choix ;
f) Un député et un sénateur ;
g) Un membre titulaire et un membre suppléant désignés par l'Association des maires de France et un membre titulaire et un membre suppléant désignés par l'Association des régions de France.
L'agent comptable du centre national ainsi que le contrôleur budgétaire auprès du ministre en charge de l'enseignement supérieur assistent aux réunions du conseil d'administration avec voix consultative.
Deux directeurs généraux de centre régional, désignés par le président du centre national, assistent aux réunions du conseil d'administration avec voix consultatives.