Le président est assisté par un directeur général délégué nommé par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur, sur proposition du président, dans les conditions fixées par le décret n° 2005-1312 du 21 octobre 2005 relatif aux conditions de nomination et d'avancement dans les emplois de directeur adjoint et de secrétaire général de certains établissements publics nationaux à caractère administratif.
Il peut déléguer sa signature au directeur général délégué et aux autres agents de catégorie A de l'établissement.