Le directeur est nommé pour cinq ans, par décret pris sur le rapport du ministre chargé du développement durable, après avis du conseil d'administration.
Il est procédé à un appel à candidatures publié au Journal officiel de la République française. Chaque candidat à la fonction de directeur présente à l'appui de sa candidature un projet pour l'établissement. Le règlement intérieur de l'établissement précise les modalités de l'appel public à candidatures et de l'examen des candidatures. L'avis du conseil d'administration mentionné au premier alinéa porte, pour chacun des candidats, sur ses aptitudes à occuper la fonction et sur la pertinence de son projet pour l'établissement.
Le directeur est obligatoirement choisi parmi les ingénieurs du corps des ponts, des eaux et des forêts.
Il peut être renouvelé une fois pour une durée égale sur proposition du conseil d'administration, par décret pris sur le rapport du ministre chargé du développement durable.
Les fonctions de directeur sont incompatibles avec l'exercice, au sein de l'établissement, de toute fonction élective.
Il est assisté de directeurs adjoints nommés par le ministre chargé du développement durable sur la proposition du directeur.
Le directeur de l'enseignement, le directeur de la recherche, le directeur de la formation continue ainsi que les autres responsables de service sont nommés par le directeur de l'école.