Le secrétariat général des ministères économiques et financiers comprend, outre le service du haut fonctionnaire de défense et de sécurité :
- la direction des ressources humaines ;
- le service des affaires financières et immobilières ;
- le service de la communication ;
- le service de l'environnement professionnel ;
- la délégation à la modernisation ;
- la délégation aux systèmes d'information ;
- la délégation à l'encadrement supérieur.
Le secrétaire général dispose, en outre, d'un cabinet ; la gestion des ressources communes des différentes composantes du secrétariat général lui est rattachée. Sont également directement placées auprès du secrétaire général une mission " Parlement européen " ainsi qu'une mission ministérielle des achats dirigée par le responsable des achats des ministères économiques et financiers.