Outre l'assemblée générale des membres fondateurs du groupement d'intérêt public, le président et le directeur général, les instances de l'Agence nationale du développement professionnel continu sont :
1° Le Haut Conseil du développement professionnel continu des professions de santé ;
2° Le comité d'éthique ;
3° Des commissions scientifiques indépendantes ;
4° Le conseil de gestion ;
5° Des sections professionnelles.