L'échelon national du contrôle médical des régimes agricoles de protection sociale assure la représentation de la Mutualité sociale agricole dans les diverses instances et commissions requérant, au niveau national, la présence d'un praticien-conseil.
L'échelon national coordonne l'activité des services de contrôle médical de la Mutualité sociale agricole. Il s'assure de l'application des directives nationales et apporte un appui technique aux services du contrôle médical ainsi qu'aux associations régionales de caisses de mutualité sociale agricole.
Il peut effectuer, dans son domaine de compétence, des missions d'audit au sein des organismes et se voir confier toutes missions spécifiques par le directeur général de la Caisse centrale de la mutualité sociale agricole, par le conseil central d'administration de la Mutualité sociale agricole ou par le ministre chargé de l'agriculture.
L'échelon national du contrôle médical participe à l'ensemble de la formation des praticiens-conseils, y compris le développement professionnel continu mentionné aux articles L. 4021-1 à L. 4021-8 du code de la santé publique.