La fermeture définitive ou temporaire de l'entrepôt fiscal de produits énergétiques et celle des entrepôts fiscaux de production ou de stockage d'huiles végétales pures fait l'objet d'une décision de l'administration des douanes et droits indirects ; cette décision peut intervenir :
- à la demande du titulaire de l'autorisation d'exploiter ;
- à l'initiative de l'administration des douanes et droits indirects en cas de non-respect des conditions de fonctionnement de l'entrepôt ou en cas d'inactivité de l'entrepôt sous régime suspensif durant une année.
En cas de fermeture de l'entrepôt fiscal de produits énergétiques, le titulaire de l'autorisation d'exploiter est tenu de régulariser la situation fiscale des produits.
Il n'est libéré de ses obligations fiscales qu'à la clôture des comptes de l'entrepôt, dûment approuvée par l'administration des douanes et droits indirects.