Tout changement qui affecte les installations de l'entrepôt fiscal de stockage, le statut de l'exploitant et les conditions d'exploitation de cet entrepôt est soumis à autorisation du directeur interrégional des douanes et droits indirects ou, en Guadeloupe, en Guyane, à La Réunion et à Mayotte, le directeur régional des douanes et droits indirects s'il entraîne une modification d'un élément constitutif de l'entrepôt.
Cette autorisation prend la forme d'une décision modificative de l'autorisation d'exploiter.
Le silence gardé pendant deux mois par l'administration sur la demande d'autorisation mentionnée au premier alinéa vaut décision de rejet.