Le service de la trésorerie aux armées est dirigé par le payeur général aux armées, qui :
1° Exerce les attributions définies par le décret n° 2004-740 du 26 juillet 2004 portant dispositions statutaires relatives aux fonctionnaires du ministère chargé du budget détachés au sein du service de la trésorerie aux armées, notamment en matière d'administration et de gestion du personnel ;
2° Est chargé de la constitution des bureaux payeurs ainsi que de leur fonctionnement en tant que postes comptables.
Le payeur général aux armées est comptable public spécial.
Il est assisté, en tant que chef du service de la trésorerie aux armées, par le bureau de liaison de la trésorerie aux armées. Il dispose d'un adjoint, payeur principal, qui le seconde et le supplée.
Lorsqu'il assume la direction d'autres postes comptables, il peut leur confier la prise en charge des ordres de payer, des ordres de recouvrer ainsi que des opérations de trésorerie émanant des ordonnateurs assignés sur sa caisse.