Le directeur de la DPID est assisté d'un adjoint qui le supplée en cas d'absence ou d'empêchement.
Il dispose également :
- d'un adjoint dédié à la " protection de la dissuasion ", chargé de la coordination des départements de la direction pour ce qui relève du contrôle gouvernemental de l'intégrité des moyens de la dissuasion nucléaire et du volet " protection contre les actes malveillants " de la sécurité nucléaire ;
- d'un adjoint dédié aux " moyens de protection ", chargé de la coordination des départements de la direction pour toutes les questions capacitaires relatives aux infrastructures, aux équipements et aux systèmes de protection. Cette fonction est exercée par le chef du département " moyens de protection ".