Le laboratoire est soumis au contrôle économique et financier de l'Etat prévu par le décret n° 53-707 du 9 août 1953 relatif au contrôle de l'Etat dans les entreprises publiques nationales et certains organismes ayant un objet d'ordre économique et social et par le décret n° 55-733 du26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat. Le contrôle de la gestion financière du laboratoire est assuré par un membre du corps du contrôle général économique et financier.