Le président et le vice-président de la commission bénéficient d'une indemnité forfaitaire annuelle dont le montant est fixé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'économie et du budget. Les autres membres de la commission bénéficient d'une indemnité dont le taux par séance est fixé par arrêté conjoint des mêmes ministres.
Les membres de la commission peuvent se faire rembourser leurs frais de déplacement dans les conditions fixées par le décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat.