La direction des infrastructures de transport comprend :
- le service de gestion du réseau routier national ;
- la sous-direction du développement et de la gestion des réseaux ferroviaires et des voies navigables ;
- le département des partenariats public-privé ;
- la mission d'appui du réseau routier national ;
- la mission de coordination des affaires européennes et internationales.
La direction des infrastructures de transport s'appuie, en tant que de besoin, sur les compétences du centre d'études des tunnels.