La commission se réunit à la diligence et sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour.
Elle ne peut se prononcer que si sept au moins de ses membres, dont deux au moins désignés à raison de leur compétence, sont présents. Les décisions sont prises à la majorité des voix des membres présents. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
En cas d'empêchement ou de vacance de la présidence de la commission, les attributions du président sont exercées, à titre exceptionnel, par le membre le plus ancien dans ses fonctions.
Le secrétariat de la commission est assuré par la direction des affaires criminelles et des grâces au ministère de la justice.
Le président peut constituer des groupes de travail au sein de la commission. Il peut appeler à participer aux travaux de la commission ou des groupes de travail, à titre consultatif, toute personne dont le concours lui paraît utile.
Les frais de déplacement occasionnés sont remboursés selon la réglementation applicable aux agents publics de l'Etat.