Le Conseil national d'orientation de la politique sanitaire animale et végétale est présidé par le ministre chargé de l'agriculture ou son représentant. Il est constitué de deux sections spécialisées dans les domaines respectivement de la santé animale et de la santé végétale et d'une formation plénière comprenant des membres de ces deux sections.
En fonction de la nature de la consultation, le président attribue les saisines ou questions qui lui sont adressées à la formation plénière ou à l'une des sections spécialisées. Il peut mettre en place des comités d'experts chargés de préparer les travaux des sections dans des domaines particuliers, notamment ceux des animaux de compagnie, de l'identification et de la traçabilité des animaux.
Il fonctionne dans les conditions prévues par les articles R. * 133-1 à R. * 133-15 du code des relations entre le public et l'administration et par un règlement intérieur.