Un comité de pilotage assure le suivi de la réalisation du contrat d'objectifs et de performance. Il veille à la bonne exécution des actions prévues par le contrat et procède à l'évaluation régulière des résultats obtenus selon les modalités fixées à l'article D. 571-36.

Le comité de pilotage est constitué du préfet, du président du conseil général de Mayotte et du président de la chambre de l'agriculture, de la pêche et de l'aquaculture de Mayotte ou de leurs représentants. Il peut s'adjoindre le concours d'experts de son choix. Le secrétariat du comité de pilotage est assuré par la direction de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt.