Le président du conseil d'administration de l'institut est nommé pour trois ans par arrêté du ministre chargé de l'agriculture. Son mandat est renouvelable.
Outre son président, le conseil d'administration comprend vingt membres ainsi répartis :
1. Six représentants de l'Etat, désignés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture ;
2. Six personnalités qualifiées, nommées pour trois ans, renouvelables, par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, sur proposition du directeur de l'institut ;
3. Cinq représentants des personnels de l'institut, élus pour une durée de trois ans renouvelable ;
4. (Abrogé)
5. Trois représentants des stagiaires, élus, par spécialité, pour une durée d'un an.
Les modalités des élections des représentants des personnels et des stagiaires sont fixées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.
Le directeur, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable de l'institut assistent aux séances du conseil avec voix consultative.
Le président du conseil d'administration peut également appeler à participer aux séances, avec voix consultative, toute personne dont il juge la présence utile.
Les membres du conseil d'administration peuvent, en cas d'absence ou d'empêchement, donner mandat à un membre appartenant à la même catégorie. Un même membre ne peut détenir plus de deux mandats.
Les membres démissionnaires, décédés ou qui n'exercent plus les fonctions au titre desquelles ils avaient été désignés, nommés ou élus doivent être remplacés. Dans ce cas, le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui des membres qu'ils remplacent.
Les fonctions de membre du conseil d'administration sont gratuites.