L'enquête nautique est ordonnée par le directeur interrégional de la mer, qui en informe le ministre chargé de la mer, le procureur de la République, le directeur du Bureau d'enquêtes sur les événements de mer, le directeur départemental des territoires et de la mer et, le cas échéant, le chef du centre de sécurité des navires compétent.

Le directeur interrégional de la mer compétent est celui du port d'immatriculation du navire qui est mentionné au 1° de l'article R. 5281-1 ou celui du lieu de l'événement de mer qui a causé ou menacé de causer le préjudice mentionné au 2° du même article.

Lorsque plusieurs directeurs interrégionaux de la mer sont compétents pour ordonner l'enquête en application de l'alinéa précédent, le ministre chargé de la mer désigne parmi ces derniers le directeur compétent.