Le programme de travail annuel du comité est élaboré par les représentants de l'Etat visés à l'article 3, sur la base de la liste des projets et accords internationaux transmise en début d'année par le CEA conformément à l'article 4 du présent arrêté. Tout projet ou accord international visé à l'article 2 et ne figurant pas dans cette liste peut être ajouté au programme annuel du comité à la demande de l'un au moins des représentants de l'Etat.
Les représentants de l'Etat visés à l'article 3 désignent, dès la diffusion du programme de travail annuel, en leur sein et de manière collégiale, un coordonnateur pour chaque projet susceptible d'être soumis au comité. Sur les sujets relatifs à la programmation pluriannuelle du CEA, les représentants de l'Etat peuvent désigner en leur sein deux coordonnateurs.
Le CEA transmet aux membres du comité, au moins quinze jours avant la date prévue de la réunion, un dossier documenté.
Le coordonnateur désigné instruit, avec l'aide du CEA, le dossier transmis et rédige un projet d'avis. Il peut demander au CEA la transmission de tous documents utiles à la rédaction de cet avis.
Le coordonnateur transmet au comité un projet d'avis au moins une semaine avant la date prévue de la réunion. L'avis du comité est finalisé en séance, dans la mesure du possible, et sur la base du consensus. Le cas échéant, le coordonnateur finalise l'avis en se rapprochant des membres du comité. L'avis définitif est diffusé par le président aux membres du comité et au secrétaire du conseil d'administration.