Sous la responsabilité des établissements accrédités, l'école doctorale fixe les conditions de suivi et d'encadrement des doctorants par une charte du doctorat dont elle définit les termes. Cette charte prévoit notamment les modalités de recours à une médiation en cas de conflit entre le doctorant et son directeur de thèse et l'engagement du doctorant à répondre à toute demande d'information relative à son insertion et à son parcours professionnel à l'issue du doctorat. Cette charte est approuvée par le directeur de l'école doctorale, le directeur de l'unité ou de l'équipe de recherche d'accueil, le ou les directeurs de thèse. Elle est signée par le doctorant et le directeur de thèse lors de sa première inscription.
Prise en application de cette charte, une convention de formation, signée par le directeur de thèse et par le doctorant, indique les dénominations de l'établissement d'inscription du doctorant, de l'école doctorale et de l'unité ou de l'équipe de recherche d'accueil ; elle mentionne également le ou les noms du ou des directeurs de thèse, du directeur de l'unité ou de l'équipe d'accueil, du doctorant ainsi que les droits et devoirs des parties en présence.
Cette convention de formation mentionne le sujet du doctorat et la spécialité du diplôme, le cas échéant les conditions de financement du doctorant, ainsi que les éléments suivants :
1° Si le doctorat est mené à temps complet ou à temps partiel ; dans ce cas est précisé le statut professionnel du doctorant ;
2° Le calendrier du projet de recherche ;
3° Les modalités d'encadrement, de suivi de la formation et d'avancement des recherches du doctorant ;
4° Les conditions matérielles de réalisation du projet de recherche et, le cas échéant, les conditions de sécurité spécifiques ;
5° Les modalités d'intégration dans l'unité ou l'équipe de recherche ;
6° Le projet professionnel du doctorant ;
7° Le parcours individuel de formation en lien avec ce projet personnel ;
8° Les objectifs de valorisation des travaux de recherche du doctorant : diffusion, publication et confidentialité, droit à la propriété intellectuelle selon le champ du programme de doctorat.
La convention de formation du doctorant prend en compte les autres conventions existantes. Elle peut être modifiée en tant que de besoin, lors des réinscriptions par accord signé entre les parties. L'établissement d'inscription est le garant de sa mise en œuvre.