L'inscription en première année de doctorat est prononcée par le chef d'établissement sur proposition du directeur de l'école doctorale, après avis du directeur de thèse et du directeur de l'unité ou de l'équipe de recherche sur la qualité du projet et les conditions de sa réalisation. Elle vaut admission aux formations dispensées par l'école doctorale.
Pour être inscrit en doctorat, le candidat doit être titulaire d'un diplôme national de master ou d'un autre diplôme conférant le grade de master, à l'issue d'un parcours de formation ou d'une expérience professionnelle établissant son aptitude à la recherche.
Si cette condition de diplôme n'est pas remplie, le chef d'établissement peut, par dérogation et sur proposition du conseil de l'école doctorale, inscrire en doctorat des personnes ayant effectué des études d'un niveau équivalent ou bénéficiant de la validation des acquis de l'expérience prévue à l'article L. 613-5 du code de l'éducation. La liste des bénéficiaires de ces mesures est présentée chaque année au conseil de l'école doctorale et à la commission de la recherche du conseil académique, ou à l'instance qui en tient lieu dans l'établissement concerné.
L'inscription est renouvelée au début de chaque année universitaire par le chef d'établissement, sur proposition du directeur de l'école doctorale, après avis du directeur de thèse et, à partir de la troisième inscription, du comité de suivi individuel du doctorant. En cas de non-renouvellement envisagé, après avis du directeur de thèse, l'avis motivé est notifié au doctorant par le directeur de l'école doctorale. Un deuxième avis peut être demandé par le doctorant auprès de la commission recherche du conseil académique ou de l'instance qui en tient lieu, dans l'établissement concerné. La décision de non-renouvellement est prise par le chef d'établissement, qui notifie celle-ci au doctorant.
Lors de l'inscription annuelle en doctorat, le directeur de l'école doctorale vérifie que les conditions scientifiques, matérielles et financières sont assurées pour garantir le bon déroulement des travaux de recherche du doctorant et de préparation de la thèse.
Durant le déroulement de ses travaux de recherche, le doctorant est intégré à l'unité ou à l'équipe de recherche qui l'accueille et qui contribue à son accompagnement pendant sa formation. Ses travaux sont valorisés dans ce cadre.