Le conseil de l'école doctorale adopte le programme d'actions de l'école doctorale. Il gère, par ses délibérations, les affaires qui relèvent de l'école doctorale.
Le conseil comprend de douze à vingt-six membres. Soixante pour cent de ses membres sont des représentants des établissements, des unités ou équipes de recherche concernées, dont au moins deux représentants des personnels ingénieurs, administratifs ou techniciens.
Il est complété, à hauteur de 20 % du total des membres du conseil, arrondi s'il y a lieu à l'unité inférieure, par des doctorants élus parmi et par les doctorants inscrits à l'école doctorale ; et pour le reste, sur proposition des membres élus du conseil de l'école doctorale, par des membres extérieurs à l'école doctorale choisis parmi les personnalités qualifiées, dans les domaines scientifiques et dans les secteurs socio-économiques concernés.
Sa composition doit permettre une représentation équilibrée des femmes et des hommes. Les règles relatives à l'élection et à la nomination des membres du conseil sont définies suivant des modalités adoptées par le conseil d'administration de l'établissement ou des établissements concernés par l'accréditation.