Sous la responsabilité des établissements accrédités, les écoles doctorales ou les collèges doctoraux organisent la formation des doctorants et les préparent à leur activité professionnelle à l'issue de la formation doctorale. Ils regroupent des unités et des équipes de recherche d'un ou de plusieurs établissements.
Une équipe de recherche participe à une seule école doctorale. Toutefois, à titre exceptionnel, une équipe de recherche appartenant à une école doctorale peut être rattachée à plusieurs écoles doctorales.
Le périmètre des écoles doctorales tient compte du périmètre des regroupements prévus par l'article L. 718-2 du code de l'éducation. Une école doctorale peut, le cas échéant, associer des unités ou des équipes de recherche relevant d'établissements n'appartenant pas au regroupement, après avis du conseil académique ou de l'organe en tenant lieu, de la communauté d'universités ou d'établissements, ou des établissements membres du regroupement.