Le président de l'école est élu pour un mandat de cinq ans par le conseil d'administration et le conseil scientifique réunis en congrès, parmi les directeurs d'études et maîtres de conférences de l'école, et les autres enseignants-chercheurs et personnels assimilés dans les conditions prévues à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé qui exercent dans l'établissement. Il ne peut effectuer deux mandats consécutifs.
Le congrès délibère valablement si les deux tiers des membres en exercice sont présents. Si le quorum n'est pas atteint, le congrès est réuni dans le mois qui suit selon les mêmes conditions de délibération. Chaque personne dispose d'une voix. L'élection a lieu au scrutin majoritaire à deux tours. Elle est acquise à la majorité absolue des suffrages exprimés au premier tour, à la majorité relative au second tour.
La fonction de président de l'école et celles de doyen de section, de directeur d'institut ou de directeur d'unité de recherche sont incompatibles. Lorsqu'un doyen de section, un directeur d'institut ou un directeur d'unité de recherche est élu président, il est pourvu à son remplacement dans un délai de six mois.