L'agence a pour missions :
1° L'observation épidémiologique et la surveillance de l'état de santé des populations ;
2° La veille sur les risques sanitaires menaçant les populations ;
3° La promotion de la santé et la réduction des risques pour la santé ;
4° Le développement de la prévention et de l'éducation pour la santé ;
5° La préparation et la réponse aux menaces, alertes et crises sanitaires ;
6° Le lancement de l'alerte sanitaire.
L'agence assure la mise en œuvre d'un système national de veille et de surveillance sanitaire, dont elle définit les orientations, anime et coordonne les actions, dans le respect des missions dévolues aux agences régionales de santé.
Elle met en œuvre, en lien avec les régimes obligatoires d'assurance maladie et les services statistiques des départements ministériels concernés, un outil permettant la centralisation et l'analyse des statistiques sur les accidents du travail, les maladies professionnelles, les maladies présumées d'origine professionnelle et de toutes les autres données relatives aux risques sanitaires en milieu du travail, collectées conformément à l'article L. 1413-7.
Elle assure, pour le compte de l'Etat, la gestion administrative, financière et logistique de la réserve sanitaire et de stocks de produits, équipements et matériels ainsi que de services nécessaires à la protection des populations face aux menaces sanitaires graves. Elle assure la gestion des réservistes sanitaires et l'animation de leur réseau.