Le contrôleur établit un programme de contrôles a posteriori, pour la réalisation duquel il peut se faire assister par des agents placés sous l'autorité du ministre chargé du budget. Il se fonde sur les risques qu'il constate dans l'exercice de ses missions lors des travaux relatifs au contrôle interne budgétaire ou dans les conclusions d'audits. Les risques identifiés peuvent porter notamment sur la qualité comptable ou sur le caractère soutenable de la prévision budgétaire et de son exécution.
Ce contrôle peut porter notamment sur des actes, des groupes d'actes, des natures d'actes ou de dépenses ou des circuits et procédures de dépenses et de recettes.
Après avis du directeur général, le contrôleur transmet à l'agence le programme de contrôle a posteriori établi.
L'agence est tenue de communiquer au contrôleur tous les documents nécessaires à la réalisation du contrôle au plus tard dans le délai d'un mois.
Les conclusions et recommandations éventuelles du contrôleur sont transmises au directeur général et, le cas échéant, au ministre chargé du budget, au ministre chargé des outre-mer et au commissaire du Gouvernement.
Le directeur général indique les mesures qu'il entend mettre en œuvre pour pallier les risques ou défaillances identifiés.
Dans les conditions précisées par le document prévu à l'article 13, le contrôleur peut à tout moment procéder au contrôle a posteriori d'un acte particulier non soumis à avis ou visa préalables.