Sous réserve des dispositions du code de procédure pénale relatives à l'exercice des missions de police judiciaire, le directeur interdépartemental est placé sous l'autorité du préfet de chacun des départements et du préfet de police du département des Bouches-du-Rhône, pour la part de l'activité de la direction interdépartementale dont il est chargé et qui s'exerce dans les limites du département.
Il est le conseiller des préfets en matière de contrôle de la circulation transfrontière, et de lutte contre l'immigration irrégulière. Sous l'autorité des préfets il coordonne opérationnellement la lutte contre l'immigration irrégulière.
Il exerce son autorité sur les services locaux de la police aux frontières de son territoire de compétence.