La mission pour les outre-mer promeut et coordonne, en collaboration avec les autres services de la direction et les opérateurs nationaux de sécurité sanitaire, la dimension ultramarine dans les politiques de santé publique et de sécurité sanitaire. Elle participe aux instances traitant des outre-mer ; elle assure l'interface de la direction avec les autres partenaires compétents. Elle s'assure de l'adaptation de la stratégie nationale de santé et des plans et programmes de santé aux spécificités des outre-mer. Elle veille à la qualité du droit de la santé et à son adaptation permanente aux entités ultramarines.