Le représentant de l'Etat est assisté par un préfet délégué, placé sous son autorité, chargé des questions relatives aux collectivités de Saint-Barthélemy et de Saint-Martin. Le préfet délégué exerce en outre les missions du sous-préfet d'arrondissement mentionnées par le décret du 29 avril 2004 susvisé.
Le préfet délégué est assisté par un sous-préfet, secrétaire général de la préfecture de Saint-Barthélemy et de Saint-Martin, nommé conformément aux dispositions de l'article 2 du décret n° 64-260 du 14 mars 1964 portant statut des sous-préfets.