En cas d'absences injustifiées et répétées d'un élève, la bourse peut donner lieu à retenue.
Cette retenue est opérée lorsque la durée cumulée de ces absences excède quinze jours, dans la proportion d'un deux cent soixante-dixième par jour d'absence.
Les absences constatées sont imputées sur le trimestre au cours duquel les quinze journées cumulées d'absence depuis le début de l'année scolaire ont été dépassées. Les absences suivantes sont imputées sur le trimestre en cours. Si des absences n'ont pas fait l'objet d'une retenue, elles donnent lieu à l'établissement d'un ordre de reversement.
La décision, motivée, est prise par le chef d'établissement s'agissant des élèves des établissements d'enseignement public. Elle est de la compétence du directeur académique des services de l'éducation nationale agissant sur délégation du recteur d'académie, sur proposition du chef d'établissement, s'agissant des élèves des établissements d'enseignement privés.