Un commissaire du Gouvernement auprès du Haut conseil du commissariat aux comptes est désigné par le garde des sceaux, ministre de la justice. Il siège avec voix consultative. Le commissaire du Gouvernement n'assiste pas aux délibérations du Haut conseil statuant en formation restreinte. Il peut demander une seconde délibération quand le Haut conseil ne statue pas en formation restreinte.