Le conseil d'administration comprend trente membres ainsi répartis :
1° Trois représentants de l'Etat dont :
a) Le directeur général de l'enseignement et de la recherche au ministère chargé de l'agriculture ou son représentant ;
b) Le directeur général de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
c) Le directeur général de la recherche et de l'innovation au ministère chargé de la recherche ou son représentant ;
2° Quatre représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements désignés respectivement par leur organe délibérant, ou leurs suppléants ; ces collectivités ou groupements sont choisis par le conseil d'administration en assurant une représentation équilibrée des niveaux de collectivités sur le territoire desquelles est principalement implanté l'établissement ;
3° Le président directeur général de l'Institut national de la recherche agronomique ou son représentant ;
4° Sept personnalités qualifiées représentatives des professions et des activités éducatives, économiques et de recherche présentant un lien avec les missions de l'établissement, nommées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, dont au moins une parmi les anciens élèves, une sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur et une sur proposition du ministre chargé de la recherche ;
5° Quinze membres élus dont :
a) Trois représentants des professeurs et personnels assimilés ou leurs suppléants ;
b) Trois représentants des maîtres de conférences et assimilés et des autres enseignants ou leurs suppléants ;
c) Quatre représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service ou leurs suppléants ;
d) Un représentant des personnels scientifiques n'appartenant pas aux effectifs de l'établissement et exerçant leurs activités de recherche dans le cadre d'une unité de recherche à laquelle l'établissement participe ou son suppléant ;
e) Quatre représentants des étudiants, dont un inscrit en doctorat dans l'établissement, ou leurs suppléants.
Le conseil d'administration élit son président et son vice-président, en son sein, parmi les personnes extérieures à l'établissement et n'assurant pas la représentation de l'Etat. Le vice-président supplée le président en cas d'absence ou d'empêchement de celui-ci.