L'administrateur général est nommé pour une durée de quatre ans renouvelable une fois.
Il dispose des pouvoirs les plus étendus pour agir au nom de l'établissement et le représente.
Il peut nommer un administrateur général adjoint pour le suppléer dans tout ou partie de ses attributions. Cette nomination est soumise à l'accord des ministres de tutelle. En cas d'absence ou d'empêchement de l'administrateur général, ainsi qu'en cas de vacance, sa suppléance est exercée par l'administrateur général adjoint.
Il nomme des directeurs chargés de l'assister dans la mise en œuvre opérationnelle de la mission définie à l'article 2, notamment le directeur des applications militaires. La nomination du directeur des applications militaires est soumise à l'accord du ministre de la défense.
L'administrateur général prépare les délibérations du conseil d'administration et assure leur exécution.
Il peut déléguer une partie de ses pouvoirs ou sa signature aux personnes placées sous son autorité, dans les conditions et limites qu'il fixe.
L'administrateur général participe au contrôle gouvernemental de la dissuasion nucléaire dans les conditions prévues par l'article R.* 1411-9 du code de la défense. Il participe à la gestion patrimoniale des matières nucléaires nécessaires à la défense dans les conditions définies par la section 1 bis du chapitre III du titre III du livre III de la partie 1 du même code.
Les éléments de rémunération de l'administrateur général sont fixés conformément aux dispositions de l'article 3 du décret du 9 août 1953 susvisé.