Les conditions générales d'emploi et de travail ainsi que les garanties sociales des salariés de l'Institut de radioprotection et de sûreté nucléaire soumis au droit privé sont précisées par un accord d'entreprise conclu avec les organisations syndicales représentatives.
L'Institut de radioprotection et de sûreté nucléaire veille à la qualité de son expertise et de ses recherches notamment en assurant la mobilité des personnels entre l'établissement et le Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives. Une convention entre les deux établissements, approuvée par les ministres de tutelle et le ministre chargé du budget, fixe les modalités, y compris financières, de cette mobilité de leurs personnels.