En métropole, le secrétariat de la commission est assuré par la sous-direction des pensions de la direction des ressources humaines du ministère de la défense.
Pour les commissions situées dans les départements, collectivités d'outre-mer et en Nouvelle-Calédonie, le secrétariat est assuré par un personnel désigné par cette même sous-direction.
Outre l'organisation matérielle des séances, le secrétariat a pour rôle de procéder à la convocation des membres de la commission ainsi qu'à celle des demandeurs lorsque ceux-ci en ont fait la demande. Il veille également à ce que les dossiers soient complets.
Lorsqu'il s'agit de dossiers concernant des personnes résidant à l'étranger ou dans un département, une collectivité d'outre-mer ou en Nouvelle-Calédonie, la vérification du dossier relève de la sous-direction des pensions de la direction des ressources humaines du ministère de la défense.